摘要: 摸清清远段浮游植物多样性本底状况是建立北江流域水生态评价基线的基础环节。本研究结合形态学方法，采用两种18S rDNA通用引物对2025年夏季北江流域清远段10个点位的真核浮游植物多样性进行了调查监测。3NDF-euk-4v扩增子检测到真核浮游植物259种，528F-706R检测到268种。两个扩增子共同检出形态学未检出物种165个。两种通用引物和形态学检测方法的群落非度量多维尺度量分析（NMDS）和群落差异性检验（ANOSIM）结果均显示，北江流域清远河段上、中、下游区域的真核浮游植物群落结构差异显著。Mantel test比较三种方法的群落矩阵显示，3NDF-euk-4v扩增子与形态学检测结果相似度（r = 0.34，p < 0.01）高于528F-706R扩增子与形态学检测结果相似度（r = 0.31，p < 0.05）。两种扩增子获得的隐藻门和甲藻门相对丰度显著高于形态学方法（p < 0.01），而获得的硅藻门相对丰度显著低于形态学方法（p < 0.05）。两种引物均能扩增出北江流域清远段真核浮游植物大多数类群。3NDF-euk-4v引物具有更高的分辨率及物种覆盖度，其解析的群落结构与形态学结果更为接近，更适合作为基于18S rDNA V4区分子标记的淡水真核浮游植物监测通用引物。通过规范操作流程、多引物联用、完善本土物种DNA数据库等措施，有助推进宏DNA条形码技术作为浮游植物常态化监测。