生态与农村环境学报

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基于高通量测序的连续传代富集土壤可培养菌菌群变化规律研究

文昌丽;曹伟伟;唐雪莲;赵雯淑;贾仲君;孟磊   

  1. 海南大学热带作物学院;中国科学院南京土壤研究所土壤与农业可持续发展国家重点实验室;中国科学院大学

摘要: 利用高通量测序技术研究连续传代富集过程中,固体和液体牛肉膏蛋白胨土壤可培养细菌多样性的变化规律,量化可培养菌占水稻土本底微生物群落的比例。通过设置常规营养和1/10低营养处理,包括常规牛肉膏蛋白胨固体培养(NA)、液体培养(NB),低营养固体培养(1/10NA)和液体培养(1/10NB),开展连续传代富集10次,获得第1、3、5、7、10代细菌培养物并提取DNA,同时直接提取水稻土中所有微生物基因组DNA并利用高通量测序16S rRNA 基因,分析水稻土可培养菌群落变化规律及其占本底土著微生物的比例。结果表明,水稻土本底微生物多样性Chao指数为4806,连续传代培养10次过程中,降幅最高97倍,其中固体和液体可培养微生物Chao指数第一代最低,分别为49.7和142,低营养1/10培养下,Chao指数分别为75.1和531。高通量测序16S rRNA基因发现水稻土本底土微生物共713属,连续10次传代富集培养过程中,固体和液体常规培养基分别检测到52属和600属,低营养1/10培养下,分别为62属和597属,可培养菌占比最高分别为8.70%和84.2%。连续第1、3、5、7和10次传代培养过程中,固体培养基每代独有微生物属分别为7、2、3、4和3属,而液体培养基独有属则分别为5、1、102、44和24属,而低营养1/10培养也得到了类似结果。假单胞菌属Pseudomonas是水稻土连续10次传代过程中绝对的优势类群,特别在固体培养基中丰度变幅范围为97.7% ~ 99.5%,与水稻土本底土壤中丰度相比,增幅最高75倍。低营养1/10固体条件下,随着传代次数的增加,杆菌属Bacillus和代尔夫特菌属Delftia成为优势类群,在第10代丰度最高分别为18.07%和13.82%。液体连续传代10次过程中,假单胞菌属Pseudomonas也是绝对优势类群,但与固体可培养菌相比略有下降为45.5% ~ 56.0%,梭菌属Clostridium则是第二大优势类群,其丰度范围为23.58% ~42.4%,而Lysinibacillus属则仅在第5、7、10代出现,其丰度范围为1.46%~6.74%。相反,低营养1/10NB液体条件下,梭菌属Clostridium和赖氨酸芽孢杆菌属Lysinibacillus随着培养代数增加而急剧降低,假单胞菌属Pseudomonas则成为绝对优势菌,而类芽孢杆菌属Paenibacillus则出现了随着传代次数增加呈现增加趋势。这些结果表明,水稻土本底微生物多样性最多可培养菌100倍之多,连续传代富集培养过程,水稻土可培养微生物Chao指数先增加后降低,固体和液体分别获得74和662属,可培养菌占水稻土所有微生物比例分别为10.4%和92.3%。固体和液体传代培养过程中,假单胞菌属Pseudomonas均占据绝对优势地位,液体可培养菌多样性明显高于固体。低营养1/10培固体和液体培养条件下,可培养微生物类群显著增加,第一代出现的部分微生物类群逐渐被某些优势菌替代,表明连续传代富集培养过程中,在不同代际均富集了生理代谢特征具有明显差异的类群,连续传代富集并不会导致种群结构同质化和单一化。

关键词: 微生物可培养法, 连续传代, 固液体培养基, 氮素营养, 高通量测序

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